1.1.4. Electrostatic Matching Analysis

  1. 功能介绍

      This function utilizes the lattice matching algorithm to generate a series of Interfaces and then screen the Interface configuration by Ewald methods
  2. 操作流程

    依次按照以下步骤创建计算任务

    computational_workflow

    图 1.4 computational_workflow


    • step 1. 新建任务:在对应页面中输入计算任务的名称、描述信息,点击页面的“OK”按钮,完成计算任务的创建;点击“Cancel”按钮,清空输入内容。

    • step 2. 上传文件:在对应页面按照页面提示上传计算输入文件。

      Attention:
      • 请务必以英文命名计算输入文件!

      • 如需上传多个计算输入文件,请将其打包为zip格式压缩包进行上传。

    • step 3. 设置计算参数:在对应页面按照页面提示设置计算参数。

    • step 4. 设置运行参数:目前,运行参数无需设置,保持输入框默认参数即可

    • step 5. 保存计算任务:完成计算任务的创建,并将其添加到计算项目中。在跳转的页面中,可选择:

      • 继续添加计算任务:添加新的计算任务

      • 查看项目:查看当前待提交的计算项目详情。

  3. 参数说明

  • 输入文件:
    • 需提供两个包含化合价信息的cif结构文件: 基底层结构文件base_layer_structure.cif 覆盖层结构文件overlay_layer_structure.cif。

    • 上传时请将两个文件打包成一个zip文件进行上传。

    • 示例文件

  • 计算参数:

    参数名称

    参数类型

    说明

    Method

    ——

    目前共有五种方法以供选择:

    • Ewald_2D:

    • Ewald_3D:

    • Ewald_3DC*:

    • Ewald3DC_planar_boundary:

    • Ewald3DC_spherical_boundary:

    基底层原子层数

    正整数(Int)

    单位:周期

    基底层米勒指数x轴坐标

    浮点数(Float)

    基底层米勒指数y轴坐标

    浮点数(Float)

    基底层米勒指数z轴坐标

    浮点数(Float)

    覆盖层原子层数

    正整数(Int)

    单位:周期

    覆盖层米勒指数x轴坐标

    浮点数(Float)

    覆盖层米勒指数y轴坐标

    浮点数(Float)

    覆盖层米勒指数z轴坐标

    浮点数(Float)

    界面面积

    浮点数(Float)

    单位:埃²

    最大容忍长度

    浮点数(Float)

    默认值为0.1

    界面间距步长

    浮点数(Float)

    间距在2.5埃~4埃范围内变化,默认值为2.5

  • 运行参数:

    目前无需设置,保存默认即可。

    参数名称

    参数类型

    说明

    Machine Name

    字符串(String )

    计算机器名称,默认为machine01

    Number of Core

    正整数(Int)

    计算核数,默认为1

    Number of Process

    正整数(Int)

    计算进程数,默认为1

  1. 计算结果文件

    • out.txt:计算结果

    • substrate_sp.cif

    • file_sp.cif

    • hetero_sp.cif