1.4.1. 识别相同结构

  1. 功能介绍

    识别重复的晶体,比较晶体中的结构框架以及站点上的原子类型与原子占据率是否在容差范围内相同

  2. 操作流程

    依次按照以下步骤创建计算任务

    computational_workflow

    图 1.14 computational_workflow


    • step 1. 新建任务:在对应页面中输入计算任务的名称、描述信息,点击页面的“OK”按钮,完成计算任务的创建;点击“Cancel”按钮,清空输入内容。

    • step 2. 上传文件:在对应页面按照页面提示上传计算输入文件。

      Attention:
      • 请务必以英文命名计算输入文件!

      • 如需上传多个计算输入文件,请将其打包为zip格式压缩包进行上传。

    • step 3. 设置计算参数:在对应页面按照页面提示设置计算参数。

    • step 4. 设置运行参数:目前,运行参数无需设置,保持输入框默认参数即可

    • step 5. 保存计算任务:完成计算任务的创建,并将其添加到计算项目中。在跳转的页面中,可选择:

      • 继续添加计算任务:添加新的计算任务

      • 查看项目:查看当前待提交的计算项目详情。

  3. 参数说明

    • 输入文件:
      • 请上传至少包含两个CIF文件的压缩包,以英文命名

      • 示例文件

    • 计算参数:
      • 无需设置参数

    • 运行参数:

      目前无需设置,保存默认即可。

      参数名称

      参数类型

      说明

      Machine Name

      字符串(String )

      计算机器名称,默认为machine01

      Number of Core

      正整数(Int)

      计算核数,默认为1

      Number of Process

      正整数(Int)

      计算进程数,默认为1

  4. 计算结果文件

    计算完成会得到一个CSV格式的文件,该CSV格式文件每一列的含义为

    • filename:晶体结构文件名

    • similar_group_id:相似结构组号(在识别相似结构的功能中,若晶体结构具有相同组号,即为比较了结构框架与所选比较准则后,晶体被识别为具有相似结构)

    • similarity:相似度值,与同一相似结构组中第一个结构相比的相似度

    • same_group_id:相同结构组号(在识别相同结构的功能中,若晶体结构具有相同组号,即为比较了结构框架、原子类型以及原子占据率后,晶体被识别为具有相同结构)